Nach einer ersten Kontaktaufnahme erfolgt die Unterbreitung eines Angebotes zur Begutachtung und Testierung des Mengenstromnachweises. Die Basis hierfür bildet ein bei der ZER-QMS erhältlicher Fragebogen. Zudem ist ein Erstbesuch bei der Organisation üblich.
Das eigentliche Begutachtungsverfahren setzt sich aus der Prüfung der Dokumente und der Auditierung im Unternehmen zusammen. Die Begutachtung im Unternehmen umfasst Gespräche mit dem Personal, die Besichtigung der technischen Einrichtungen und die Einsichtnahme z. B. in Aufzeichnungen. Die Begutachtung endet mit einem Abschlussgespräch, in dem die Ergebnisse vorgestellt werden. Soweit Abweichungen von der Verordnung festgestellt wurden, werden diese diskutiert und schriftlich festgehalten.
Ein Begutachtungsbericht fasst die Ergebnisse der Begutachtung zusammen und wird zeitnah vom Sachverständigen dem Unternehmen zur Verfügung gestellt. Auf Basis dieses Auditberichtes erfolgt auch die Entscheidung über die Testierung des Mengenstromnachweises.